私は拡散モデルを私の（前処理された）データに適合させるために使用されるbedpostxと呼ばれるfslツールを使用しています。問題は、このプロセスが 24 時間以上実行されていることです。貧乏人並列化で処理を高速化したい。そのためには、複数のターミナルで bedpostx_single_slice.sh を実行し、これをスライスのバッチに適用する必要があります。私はエラーが発生し続けます。これは、ターミナルで起動するコマンドです。
bedpostx_single_slice.sh Tirocinio/Dati_DTI/DTI_analysis_copy 37
最初の入力はデータのあるディレクトリで、37 は分析したい i 番目のスライスです。これは私が得るエラーです:
terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
what(): std::bad_alloc
Aborted (core dumped)
残念ながら、このツールに関するドキュメントはあまりありません。また、私はプログラミングの初心者です。
それが役立つ場合は、bedpostx_single_slice.sh のスクリプトを次に示します。
#!/bin/sh
# Copyright (C) 2012 University of Oxford
export LC_ALL=C
subjdir=$1
slice=$2
shift
shift
opts=$*
slicezp=`${FSLDIR}/bin/zeropad $slice 4`
${FSLDIR}/bin/xfibres\
--data=$subjdir/data_slice_$slicezp\
--mask=$subjdir/nodif_brain_mask_slice_$slicezp\
-b $subjdir/bvals -r $subjdir/bvecs\
--forcedir --logdir=$subjdir.bedpostX/diff_slices/data_slice_$slicezp \
$opts > $subjdir.bedpostX/logs/log$slicezp && echo Done && touch $subjdir.bedpostX/logs/monitor/$slice