最初は問題なく Xcode 7.1.1 にアップグレードしましたが、昨日 (11 月 12 日) に iTunes Connect ポータルがアップグレードされてから、TestFlight アーカイブの実行中に問題が発生しました。さらに、Application Loader 3.1 へのログインで問題が発生しました。
これは、iTunes Connect のアップグレード前の 11 月 12 日の午後には正常に機能していました。Apple が追加のセキュリティを有効にしているようです。
調査の結果、私の状況では、2 要素認証用に AppleID を設定している場合、Apple は、この新しい iTunes Connect のアップグレード以降、Xcode と Application Loader で使用するアプリ固有のパスワードを要求するようになりました。どちらのツールも、設定の下にあるアカウントの通常の AppleID パスワードを使用しなくなります。
このようなパスワードを AppleID アカウントに追加する方法に関する情報は、この Apple サポート リンクにあります AppleID のアプリケーション固有のパスワードの設定
AppleID パスワードの代わりにアプリ固有のパスワードを使用すると、Xcode 7.1.1 と Application Loader 3.1 は問題なく動作し、アーカイブの検証とエクスポート、および TestFlight への送信を通常どおり完了しました。