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Windows7ultimate システムで Rstudio を使用した「dput(df)」出力による私のデータ:

> dput(df)
structure(list(time = structure(c(5L, 2L, 8L, 4L, 1L, 7L, 3L, 6L), .Label = c("G1", "G1_S", "G2", "G2_M", "G2M_G1", "M", "S", "S_G2"), class = "factor"), RB1_total = c(0.571337, -0.933077, -0.0660497, -0.1121, -0.571337, 0.36174, 0.42779, 0.53989), S.249 = c(0.270073, 0.170127, 0.0912204, 0.100353, -0.270073, -0.4402, -0.53142, -0.631773), T.252 = c(0.434422, -0.749758, -0.58248, NaN, -0.434422, 0.315335, 0.897816, NaN), T.345 = c(NaN, NaN, -0.0607041, NaN, NaN, NaN, 0.0607041, NaN), S.347 = c(NaN, NaN, 0.150658, NaN, NaN, NaN, -0.150658, NaN), T.353 = c(0.484345, NaN, 0.17213, -0.256059, -0.484345, NaN, -0.17213, 0.0839295), T.356 = c(0.489195, -0.312565, -0.0684749, NaN, -0.489195, -0.176629, -0.108154, NaN), S.807 = c(0.286962, NaN, 0.558877, NaN, -0.286962, NaN, -0.558877, NaN), S.816 = c(NaN, NaN, 0.197244, NaN, NaN, NaN, -0.197244, NaN), T.821 = c(0.32722, 0.654879, 0.318102, -0.680306, -0.32722, -0.982098, -1.3002, -0.619894), T.823 = c(0.387246, -0.375746, 0.244286, 0.489502, -0.387246, -0.0115, -0.255786, -0.745288), T.826 = c(-0.349522, 1.08947, 0.578631, 0.588223, 0.349522, -0.739952, -1.31858, -1.90681), S.855 = c(0.237007, -0.890089, NaN, NaN, -0.237007, 0.653083, NaN, NaN)), .Names = c("time", "RB1_total", "S.249", "T.252", "T.345", "S.347", "T.353", "T.356", "S.807", S.816", "T.821", "T.823", "T.826", "S.855"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))

因子「時間」の 4 つのレベルすべてのデータを、変数ごとに 1 行のパネルとして表示できる私のコード (ggplot2、reshape2、RColorBrewer、grid、および plyr パッケージが必要でした):

dftop=df[1:4,]
dfbot=df[5:8,]

dRt=melt(dftop,id=c("time"))
dRt$time <- as.character(dRt$time)
dRt$time <- factor(dRt$time, levels=unique(dRt$time))

dRb=melt(dfbot,id=c("time"))
dRb$time <- as.character(dRb$time)
dRb$time <- factor(dRb$time, levels=unique(dRb$time))


cols<- colorRampPalette(c('black','grey','magenta','cyan','green','orange','red'))(13)

Rbot <- ggplot(dRb, aes(x=time, y=value,colour=variable, group = variable)) + 
  geom_line(size=2) +
  facet_wrap(~ variable, nrow = 1) +
  scale_colour_manual(values=c(cols)) + 
  xlab("Concatenated Sets") + 
  ylab("Log2 Normalized Relative Ratio") +
  geom_point(aes(size=value), show_guide=FALSE) +
  scale_size(guide="none") +
  geom_point(aes(fill=value,size=value-0.5),colour="black",shape=21) +
  geom_hline(yintercept=1, linetype="dotted", color="red", size=0.75) +
  geom_hline(yintercept=-1, linetype="dotted", color="red", size=0.75) +
  geom_hline(yintercept=0, color="black", size=0.5) +
  theme(legend.position="none")
Rbot

結果1

上記のプロットは、単純な行の変更によって試みられた垂直パネルとして代替的に必要とされます。

 facet_wrap(variable ~ ., scales = "fixed",ncol = 1)

ただし、これにより次の結果が得られました: layout_base(data, vars, drop = drop) のエラー: 少なくとも 1 つのレイヤーに、ファセットに使用されるすべての変数が含まれている必要があります。これを効率的に修正して、必要な垂直表示を取得する方法が不明です。

最後に、最後のビット

Rtop <- ggplot(dRt, aes(x=time, y=value, width=.75, fill=variable)) + 
  geom_bar(stat="identity", position="dodge") +
  facet_wrap(~ variable, nrow = 1) +
  xlab("Paired Sets") + 
  ylab("Log2 Normalized Relative Ratio") +
  geom_hline(yintercept=0.5, linetype="dotted", color="red", size=0.75) +
  geom_hline(yintercept=-0.5, linetype="dotted", color="red", size=0.75) +
  geom_hline(yintercept=0, color="black", size=0.75) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1),legend.position="none")
Rtop

結果2

出力には、result1 に示されている geom_lines で使用されている同じ手動配色を採用するのではなく、デフォルトの ggplot2 レインボー スケールのみが表示されます。

RtopVal <- ggplot(dRt, aes(x=time, y=value, width=.75)) + 
  geom_bar(aes(fill=value),stat="identity", position="dodge") +
  facet_wrap(~ variable, nrow = 1) +
  scale_colour_manual(values=c(cols)) + 
  xlab("Paired Sets") + 
  ylab("Log2 Normalized Relative Ratio") +
  geom_hline(yintercept=0.5, linetype="dotted", color="red", size=0.75) +
  geom_hline(yintercept=-0.5, linetype="dotted", color="red", size=0.75) +
  geom_hline(yintercept=0, color="black", size=0.75) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))
RtopVal

結果3

今のところ、望ましい結果に最も近い代替案として採用されています。

お時間をいただきありがとうございます！

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