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このことから、root 以外のユーザーが GPIO にアクセスすることは可能wiringPiSetupSys()だと思いましたが、それを試みることに失敗しました。

実際、実行可能ファイルに setuid を実行すると動作します。それで、wiringPiSetupSys()十分じゃないですか？

$ ./gpio write 4 1  // This don't work :(
# chown root gpioapp
# chmod u+x gpioapp
$ ./gpio write 4 1  // This works :)
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