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私は趣味のプログラマーです (私の実際の専攻は生物学です) ので、コードがひどい場合は申し訳ありません。

とにかく、私は rosalind.info 演習 ( http://rosalind.info/problems/subs/ ) を行っており、特定の DNA モチーフがより大きな DNA 配列に含まれているすべてのインデックスを見つけたいと考えています。基本的に、文字列内の部分文字列のインデックスを見つける必要があります。簡単なはずですよね？ええと、多分あなたは私を助けることができます。

だからここに私のコードがあります：

with open('rosalind_subs.txt') as f:
    seq = f.readline()
    seq.strip()
    subs = f.readline()
    subs.strip()
    break

def finder(x, y):
    index = x.find(y)
    return index

print("sequence is: " + seq)
print("subs is: " + subs)

print(finder(seq, subs))

そして、ここに私の出力があります：

sequence is:  ACCAGTCTCTTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGACCCTCTTTTCGTCACTCTTTTACCTCTTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTACTCTTTTAGCGCAGATCTCTTTTCTCTTTTGGCTCTTTTGTCATCCTCTTTTAGACTCTTTTGGGAAGCGACGCCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGCCTCTTTTTATAACCTAAAAGACTCTTTTCCCTCTTTTCCGATTTGCCAAGGGCTCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTTACTCTTTTCTCTTTTCGCCCCAAGATTAACTCTTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTTTCCTCTTTTCTCTTTTGAATTGACCTCTTTTTCTCTTTTTTTGGGCCGCTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTCTTTTAACAGCTCTTTTCCTTCTCTTTTGTCTCTTTTAGTATACTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTACTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTTGTCTCTTTTGCCCTGTCTCTTTTCACGCTTCTCTTTTAGTGTACTCTTTTACTCTTTTTGGCTCTTTTCGAATTTGTTAGCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTGTCTCTTTTGATCAGATTCTCTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCCTTAAGCAGATTTCTCTTTTCTCTTTTTCTCTCTTTTGCTCTTTTACTCTTTTACTGCTTTCTCTTTTACAACCTCTTTTACTCTTTTAAGCTCTTTTCTCTTTTGCGCCTCTTTTCCTCCCCTCTTTTTAGCTCTTTTCTCTTTTTCGCTCTTTTCAGCTCTTTTCACTCTTTTGTTTTGAGCTCTTTTCAGACTCTTTTATCCTCTTTTTTCCTCTTTTAGCGCTCTTTTGTAGCCTCTTTT

motif is: CTCTTTTCT

-1

***Repl Closed***

私は***Repl Closed***石を裏返さないようにするためにそこに残しました。多分それはSublime REPLと関係がありますか?

とにかく、見ただけではわからないかもしれませんが、モチーフは実際には DNA 配列で何度も見つかります。それは、検索機能がそれを検出していないだけです。何を与える？

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break は with スコープでは適用できません。削除してお試しください。以下のコードをテストしました。

with open('rosalind_subs.txt') as f:
    seq = f.readline()
    seq.strip()
    subs = f.readline()
    subs.strip()

def finder(x, y):
    index = x.find(y)
    return index

print("sequence is: " + seq)
print("subs is: " + subs)

print(finder(seq, subs))

出力は

>>> 
sequence is: ACCAGTCTCTTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGACCCTCTTTTCGTCACTCTTTTACCTCTTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTACTCTTTTAGCGCAGATCTCTTTTCTCTTTTGGCTCTTTTGTCATCCTCTTTTAGACTCTTTTGGGAAGCGACGCCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTGCCTCTTTTTATAACCTAAAAGACTCTTTTCCCTCTTTTCCGATTTGCCAAGGGCTCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTCTCTTTTTACTCTTTTCTCTTTTCGCCCCAAGATTAACTCTTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTTTCCTCTTTTCTCTTTTGAATTGACCTCTTTTTCTCTTTTTTTGGGCCGCTCTTTTCTCTTTTACTCTTTTCTCTCTTTTAACAGCTCTTTTCCTTCTCTTTTGTCTCTTTTAGTATACTCTTTTACTCTTTTCTCTTTTCTCTCTTTTACTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTTGTCTCTTTTGCCCTGTCTCTTTTCACGCTTCTCTTTTAGTGTACTCTTTTACTCTTTTTGGCTCTTTTCGAATTTGTTAGCTCTTTTGCTCTTTTCTCTTTTGCTCTTTTGTCTCTTTTGATCAGATTCTCTTTTTCTCTTTTCTCTTTTCCTTAAGCAGATTTCTCTTTTCTCTTTTTCTCTCTTTTGCTCTTTTACTCTTTTACTGCTTTCTCTTTTACAACCTCTTTTACTCTTTTAAGCTCTTTTCTCTTTTGCGCCTCTTTTCCTCCCCTCTTTTTAGCTCTTTTCTCTTTTTCGCTCTTTTCAGCTCTTTTCACTCTTTTGTTTTGAGCTCTTTTCAGACTCTTTTATCCTCTTTTTTCCTCTTTTAGCGCTCTTTTGTAGCCTCTTTT

subs is: CTCTTTTCT
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于 2015-11-26T14:21:57.680 に答える
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また、いくつかの rosalind.info の演習を行った仲間の生物学者もここにいます。

まず、シーケンスを読み取るコードとモチーフはsplitlines()、改行を削除する を使用して改善できます。また、タプル アンパックseqを使用してと変数の両方motifを一度に割り当てる方法にも注目してください。

with open('rosalind_subs.txt') as f:
    seq, motif = f.read().splitlines()

find次に、モチーフの最初の出現のインデックスのみを返すことに正しく気付きました。すべての出現を見つけるには、 find が別のオプションの引数を取ることを知っておくと役立ちますstart。それを指定すると、そのインデックス位置から検索を開始します。これをループで使用すると、すべてのインデックスが取得されます。

もう 1 つの方法は、正規表現を使用することです。モチーフは互いに重なり合う可能性があるため、先読みアサーションを利用する必要があることに注意してください。

于 2015-11-26T15:00:32.423 に答える