次のようなコードにスタイルを適用する必要があります。
TextBlock.Style = TryFindResource("MyStyle") as Style;
これは、リソース ディクショナリが変更されたときに動的に更新されます (つまり、実行時にスキンが置き換えられます)。つまり、次のような動的リソースを使用するのと同等のものが必要です。
<TextBlock Style="{DynamicResource MyStyle}" />
SetResourceReferenceを使用してみてください。
textBlock.SetResourceReference(TextBlock.StyleProperty, "MyStyle")