r - 参照グループを設定し、R を使用した cox 回帰の値を変更します

Question

私は R の完全な初心者であり、図に示すように cox 回帰分析を実行したいのですが、参照グループを設定し、HR を 1 に変更し、その他を参照グループの特定の値に変更するにはどうすればよいですか?

どうもありがとう、そしてメリークリスマス！

Answer 1

共変量のどの値が「参照」値であるかを心配する代わりに、関心のある量を直接推定します。たとえば、x=7 に対するすべてのハザード比の信頼限界を推定して取得できます。Rパッケージ機能のフロントエンドとなるrms機能を持つRパッケージを利用する場合の簡単な方法です。cphsurvivalcoxph

require(rms)
dd <- datadist(mydata); options(datadist='dd')
# Example model with 3 predictors, interaction with the variable
# x1 that you are interested in.  So hazard ratios will depend on x2
# which we set to 10.  Omit x2 from list() if want to use the default
# value (median/mode of x2).  The following obtains hazard ratios for
# x1 = 6 7 8 9 against x1 = 7.
f <- cph(Surv(time, event) ~ x1 * x2 + x3, data=mydata)
contrast(f, list(x1=6 : 9, x2=10), list(x1=7, x2=10))
# Type ?contrast.rms to see how to plot these with confidence limits

生存確率を取得するには関数を使用しますが、生存確率は1 つsurvestもないため、列見出しが誤解を招くことに注意してください。