NeoVim で期待どおりに起動しないキー コマンドがあります。以下は、私の neovim 設定からの抜粋です。
nnoremap <C-j> :wincmd j<cr>
nnoremap <C-k> :wincmd k<cr>
nnoremap <C-h> :wincmd h<cr>
nnoremap <C-l> :wincmd l<cr>
:nmap からの該当するエントリは、バインディングがオーバーライドされていないことを示しています。
n <C-H> * :wincmd h<CR>
n <NL> * :wincmd j<CR>
n <C-K> * :wincmd k<CR>
n <C-L> * :wincmd l<CR>
ただし、押し<C-h>ても何も起こりません（システムベルを除く）。他のすべての方向は正常に機能します。バインディングを別のキーに変更しても同じ効果があります。ex コマンドを手動で呼び出すと、正常に機能します。
移行中にいくつかのプラグインを変更しましたが、このバインドによって Vim で問題が発生することはありませんでした。完全な vimrc はこちらです。
NeoVim のバージョン情報
NVIM 0.1.1 (compiled Dec 26 2015 18:48:21)
Build type: RelWithDebInfo
Compilation: /usr/local/Library/ENV/4.3/clang -Wconversion -O2 -g -DDISABLE_LOG -Wall -Wextra -pedantic -Wno-unused-parameter -Wstrict-prototypes -std=gnu99 -Wvla -fstack-protector-strong -fdiagnostics-color=auto -DINCLUDE_GENERATED_DECLARATIONS -DHAVE_CONFIG_H -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/build/config -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/src -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/deps-build/usr/include -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/deps-build/usr/include -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/deps-build/usr/include/luajit-2.0 -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/deps-build/usr/include -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/deps-build/usr/include -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/deps-build/usr/include -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/deps-build/usr/include -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/include -I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.11.sdk/usr/include -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/build/src/nvim/auto -I/tmp/neovim20151226-9038-13s73ki/neovim-0.1.1/build/include
Compiled by icook@Isaacs-MacBook-Pro.local
Optional features included (+) or not (-): +acl +iconv +jemalloc
For differences from Vim, see :help vim-differences
system vimrc file: "$VIM/sysinit.vim"
fall-back for $VIM: "/usr/local/Cellar/neovim/0.1.1/share/nvim"
PS: iTerm2 を使用していますが、通常の OSX ターミナルでも同じように動作するようです。