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だから私はそのように見えるファイルを持っています：

#!/usr/bin/python
import MySQLdb
import subprocess
from subprocess import call
import re

conx = MySQLdb.connect (user = 'root', passwd = '******', db = 'vaxijen_antigens')
cursor = conx.cursor()
cursor.execute('select * from sequence')
row = cursor.fetchall()

f = open('/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/vdatabase.fasta', 'w')

for i in row:
    f.write('>'+i[0].strip()+'\n')
    s = re.sub(r'[^\w]','',str(i[1]))
    s = ''.join(s)
    for k in range(0, len(s), 60):
        f.write('%s\n' % (s[k:k+60]))
    f.write('\n')

f.close()

subprocess.call(['formatdb', '-p', 'T', '-i', r'/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/vdatabase.fasta'])

ファイルはコマンドラインから問題なく実行されますが、crontabで実行しようとすると、次のエラーが発生します。

  File "/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/formatdb.py", line 29, in <module>
    subprocess.call(['formatdb', '-p', 'T', '-i',
r'/home/rv/ncbi-blast-2.2.23+/db/vdatabase.fasta'])
OSError: [Errno 2] No such file or directory

わかりません。ファイルはそのディレクトリにあります。ダブルチェックとトリプルチェックを行いました。ファイルパスを生の文字列に変換しようとしたため、パスの前に小文字の「r」が付いていましたが、それもできませんでした。

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サブプロセス呼び出しの「formatdb」へのパスについて不平を言っているのではないかと思います。それをフルパスに変更してみてください。

subprocess.call(['/home/path/formatdb', ...])
于 2010-08-11T17:06:36.237 に答える
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cronデーモンは通常、非常に限られたPATHしか提供しません。より完全なPATHをcrontabに配置するか、Pythonコードでフルパス名を使用してください。

于 2010-08-11T17:05:23.353 に答える