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このアルゴリズムを自分のデータセットで機能させることができないようです。そのため、データの非常に小さなサブセットを取得して機能させようとしましたが、それも機能しませんでした。

事前に計算された距離行列を ELKI に入力し、ポイントの到達可能距離リストを検索させたいのですが、すべてのポイントで到達可能距離が 0 になります。

ID=1 reachdist=Infinity predecessor=1
ID=2 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=4 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=3 reachdist=0.0 predecessor=1

私の ELKI の主張は次のとおりです。

実行中: -dbc DBIDRangeDatabaseConnection -idgen.start 1 -idgen.count 4 -algorithm clustering.optics.OPTICSList -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix /Users/jperrie/Documents/testfile.txt -optics.epsilon 1.0 -optics .minpts 2 -resulthandler ResultWriter -out /Applications/elki-0.7.0/elkioutputtest

入力ファイルの代わりに DBIDRangeDatabaseConnection を使用してインデックス 1 ～ 4 を作成し、次の形式の距離行列を渡します。ここで、各行には 2 つのインデックスと距離があります。

1 2 0.0895585119724274
1 3 0.19458931684494
2 3 0.196315720677376
1 4 0.137940123677254
2 4 0.135852232575417
3 4 0.141511023044586

私が間違っている場所へのポインタをいただければ幸いです。

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距離行列を変更して 0 からカウントを開始すると、次のように動作するように見えます。

ID=0 reachdist=Infinity predecessor=-2147483648
ID=1 reachdist=0.0895585119724274 predecessor=-2147483648
ID=3 reachdist=0.135852232575417 predecessor=1
ID=2 reachdist=0.141511023044586 predecessor=3

バグ レポートを提出する必要があるかもしれません。私には、これはバグのように見えます。また、predecessor=-2147483648おそらくpredecessor=Noneそのようなものである必要があります。

于 2016-01-05T18:55:32.393 に答える