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MacBook Pro を 10.10 から 10.11 にアップグレードしたところ、X11 (実際には XQuartz) が動作しなくなりました。
結局のところ、quartz-wm (私の ~/.xinitrc に記載されています) は から に移動し/usr/X11R6/bin/quartz-wmました/usr/X11/bin/quartz-wm。
/usr/X11R6/bin/quartz-wm
/usr/X11/bin/quartz-wm