r - PCA prcomp: PC1 から PC3 のグラフを取得する方法

Question

私の PCA のスクリプト (下記) では、常に PC1 と PC2 のグラフが得られます。

 mydata.pca <- prcomp(mydata.fixed, center = TRUE, scale. = TRUE)

 g <- ggbiplot(mydata.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = mysamples, ellipse = FALSE, 
               circle = FALSE, var.axes=FALSE) 
g <- g + scale_color_discrete(name = '') 
g <- g + theme(legend.direction ='horizontal', 
                legend.position = 'top') 
g <- g + theme_bw()

ただし、次のようなものを実行すると:

summary(mydata.pca)

PC1 から PC4 までのすべての情報が表示されます。PC1 と PC3 のグラフを取得するように ggbioplot スクリプトを変更するにはどうすればよいですか?

Answer 1

への options 引数ggbiplotは、探しているものです。

iris_pca <- prcomp(iris[, 1:4], center = TRUE, scale. = T)

# PC1 vs PC 2

ggbiplot(iris_pca, choices = c(1,2), obs.scale = 1, var.scale = 1, 
         groups = iris$Species, ellipse = TRUE, 
         circle = TRUE) + scale_color_discrete(name = '') + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top')

# PC1 vs PC 3

ggbiplot(iris_pca, choices = c(1,3), obs.scale = 1, var.scale = 1, 
         groups = iris$Species, ellipse = TRUE, 
         circle = TRUE) + scale_color_discrete(name = '') + theme(legend.direction = 'horizontal', 
               legend.position = 'top')