Microsoft SQL Server Management Studio で作成されたダイアグラムでは、既定のスキーマがdboに設定されています。ダイアグラムを作成するときに別のスキーマを設定する方法はないようです。
テーブルについては、
alter schema NewSchemaName transfer dbo.TableName
指定されたテーブルを新しいスキーマに移動します。ただし、同じコマンドはダイアグラムには機能しません。
ダイアグラムが作成された後、スキーマを変更することは可能ですか?