3 つのチャネル .svs 画像からトリミングされた領域を読み取り、トリミングを .tiff 画像として保存しています。現在、画像は別々の RGB チャンネルで保存されています。
この方法で画像をトリミングします。
var path = currentFolder + "images" + File.separator + imageName;
var options = new ImporterOptions();
options.setId(path);
options.setAutoscale(true);
options.setCrop(true);
options.setCropRegion(0, new Region(X, Y, deltaX, deltaY));
options.setColorMode(ImporterOptions.COLOR_MODE_COMPOSITE);
var croppedImage= new ImagePlus();
croppedImage= BF.openImagePlus(options);
print("cropped image class: " + croppedImage.getClass());
与える
cropped image class: class [Lij.ImagePlus;
次に、画像を保存します。
IJ.saveAs(cropedImage, "tif", outputFileName);
最終的に 3 つのチャンネル画像ができあがります。
チャンネルを統合したい。
これを行うには、次の 2 つの方法が考えられます。
http://javadoc.imagej.net/ImageJ1/ij/plugin/RGBStackMerge.html
http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/api/ij/ImagePlus.html#flatten--
私は試しcroppedImage.flatten()てみました：
javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EvaluatorException: Java class "[Lij.ImagePlus;" has no public instance field or method named "flatten".
RGBStackMergeクラスのインポートも試みました：
importClass(Packages.ij.plugin.RGBStackMerge);
そしてやっている
finalImage = new ImagePlus();
finalImage = RGBStackMerge.mergeChannels(croppedImage, false);
print ("final image class: " + finalImage.getClass() + " length: " + finalImage.length);
しかし、これは次のようになります。
Started svs_to_cropped_tiffs.js at Fri Jan 22 22:58:10 PST 2016 javax.script.ScriptException: sun.org.mozilla.javascript.internal.EcmaError: TypeError: Cannot call method "getClass" of null