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この質問が以前に出てきた場合は申し訳ありませんがmaxent()、dismo パッケージの各引数に何が入るか知っている人はいますか? さまざまな R フォーラム サイトと R ヘルプ ページ自体を検索しましたが、引数の入れ方がわかりませんでした。ここに予測変数のデータフレームのサンプルがあります

library(dismo)
system.file("java", package="dismo")

bio_14  bio_19  bio_3   bio_5   forest_cover
9       125     67      329     1
9       125     67      329     1
9       124     68      329     3
10      126     67      319     3

各行は、背景またはプレゼンス ポイントのいずれかです。その後、私が理解していないのは、maxent()式の p と a の引数に入る内容です。p 引数には、x 座標と y 座標、および 1 (存在) と 0 (存在しない) を示す 3 列目が含まれていますか? それとも、代わりに 1 と 0 を含む列が a 引数に入りますか? forest_coverはカテゴリ変数です。

DataM<-read.csv("Maxent dataset.csv", header=T)
DataM<-data.frame(DataM)
parg<-read.csv("maxent p arg.csv", header=T)
aarg<-read.csv("maxent a arg.csv", header=T)
DataM[,'forest_cover'] = as.factor(DataM[,'forest_cover'])

#p
x           y
328206.7075 1257255.387
328759.7075 1256632.385
323102.7012 1256404.391
323029.7117 1267187.402



#a
pb
1
1
1
0


#Final code
    maxent1<-maxent(x=DataM, p=parg, a=aarg, factors='forest_cover')

    Error in maxent(x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover") : 
  unused arguments (x = DataM, p = parg, a = aarg, factors = "forest_cover")

一部のものを移動する必要があるかどうか、およびそれらが正しいデータ フレームにあるかどうか教えてください。前もって感謝します

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これが役立つかどうかはわかりませんが、私のコードは次のようになります。以下のように引数を設定できます。maxent.jar を開いて MaxEnt GUI のヘルプ ボタンをクリックすると、引数のリストが表示されます。引数の名前を入力してその値を設定するだけで、機能するはずです。

  `xx<-maxent(x=expl,p=spp.coords$garmani, args=c(
  'maximumbackground=10000',
  'defaultprevalence=1.00',
  'betamultiplier=0.5',
  'pictures=true',
  'randomtestpoints=30',
  'linear=true',
  'quadratic=true',
  'product=true',
  'threshold=true',
  'hinge=true',
  'threads=2',
  'responsecurves=false',
  'jackknife=false',
  'askoverwrite=false'
))`

編集:「x」は共変量のラスター スタック (この場合は BioClim レイヤー) であり、「p」は単に私の種の xy 座標 (この順序で) を含むリストであることを追加する必要があります。

于 2016-02-17T18:02:12.367 に答える
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次の方法でRでmaxentを実行しました

maxent(predictors, parg, aarg)

どこ

予測変数: 環境変数のスタック

parg: 存在場所の座標 (別々の列の x 座標と y 座標)

aarg: 背景点の座標 (別々の列の x 座標と y 座標)

于 2016-02-15T03:55:55.653 に答える