に行くと/home/myname/Maildir/new、そのフォルダに 3 つのファイルが表示されます。
PHP ではimap_num_msg(imap_open("{localhost:143/novalidate-cert}INBOX", "myname", "mypass"))、出力として 1 を取得します。
数値が同じではないですか？
sendmail myname@localhost < email.txtCLI で実行すると、メッセージが表示されますが、表示されませ/home/myname/Maildir/newんimap_num_msg。