これは他の場所に投稿されており、決して難しい問題ではないことはわかっていますが、FIJI でマクロを作成するのは初めてで、さまざまなオンライン リソースに記載されている解決策を理解することさえ困難です。
一連の画像がすべて同じフォルダーにあり、それらすべてに同じ操作を適用し、結果の Excel ファイルと画像を出力フォルダーに保存したいと考えています。具体的には、画像を開いて滑らかにし、最大強度 Z 投影を行い、画像を同じ相対値にしきい値処理したいと思います。
このしきい値設定は、問題を引き起こす 1 つのステップです。相対値とは、強度ヒストグラムの同じ％が含まれるようにしきい値を設定したいということです。現在、フィジーでは、画像>調整>しきい値に移動すると、画像の特定の割合がしきい値になるようにスライダーを移動でき、開いているウィンドウにその値が表示されます. 私の場合、98% は私が達成しようとしているものです。たとえば、データの上位 2% を除くすべてをしきい値処理します。
しきい値が MIP に適用されたら、それをバイナリに変換して粒子分析を行い、結果 (要約テーブル、結果、画像オーバーレイ.
私のアプローチは、すべてのステップを自動化し、バッチ処理を実行することでしたが、オンラインで見つけた指示に基づいて、自分が書いたものを機能させるのに苦労しています. 代わりに、ディレクトリ内のすべての画像を 1 つずつ開き、作成したマクロを適用して、結果を手動で保存していました。明らかにこれは退屈なアプローチなので、どんな助けも大歓迎です!
単純なマクロに使用しているもの：
run("Smooth", "stack");
run("Z Project...", "projection=[Max Intensity]");
setAutoThreshold("Default");
//run("Threshold...");
run("Convert to Mask");
run("Make Binary");
run("Analyze Particles...", " show=[Overlay Masks] display exclude clear include summarize in_situ");