php サポートと php-openssl 拡張機能が有効になっているホスト サーバーで、次の openssl コマンドを実行する必要があります。
openssl.exe smime -verify -inform DER -in $p7m_file -noverify -out $out_file
上記の (適切に機能する) コマンドに相当する php コードは何ですか? シェルコマンドではなく、openssl-extension のみを使用する必要があります。
詳細には、署名を検証せずに CADES ファイルを復号化する必要があります https://en.wikipedia.org/wiki/CAdES_(computing)