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このガイドに従ってUbuntuにR-develをインストールしました。magrittr をインストールしようとすると、次のinstall.packages("magrittr")ようになります。

* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'checkCompilerOptions' not found
Calls: ::: -> get
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/magrittr’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpagwvBj/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("magrittr") :
  installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status

このエラーを参照している他の 1 つのスタック オーバーフローの質問は役に立ちませんでした。誰でも助けることができますか？

私が実際にやろうとしているのは、Gvizパッケージの最新の開発バージョンをインストールすることです。そのためには、バイオコンダクターと R の開発バージョンを使用する必要があります。Gviz の依存関係ツリーの下に magrittr があります。

私の sessionInfo():

R Under development (unstable) (2016-02-18 r70185)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 15.10

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=nb_NO.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=nb_NO.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=nb_NO.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=nb_NO.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.3.0 tcltk_3.3.0
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2 に答える 2

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rasterパッケージのインストールで同じ問題が発生しました。問題は、あなたが言及しているガイドの2番目のスクリプトによってエクスポートされたライブラリディレクトリ間の競合であることがわかりました。

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

そこで、R-devel インスタンスに関係のないライブラリ フォルダーを削除しました。

#!/bin/bash
export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library'}
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH"
R "$@"

そして、それは最終的に機能しました。

于 2016-03-22T12:56:14.597 に答える