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ナイスキャッチ!以前はこの問題が発生したことはありませんでしたが、JDK のバージョンを切り替えることで再現できました。java.io.FileJDK8 から開いて、276 行目にブレークポイントを設定しました。
public File(String pathname) {
if (pathname == null) { // <= breakpoint here
throw new NullPointerException();
}
this.path = fs.normalize(pathname);
this.prefixLength = fs.prefixLength(this.path);
}
次に、その行に単純な右中括弧 ( }) がある JDK6 に切り替えました。CTRLただし、 + SHIFT+ (Windows)を押すとF8、ブレークポイントは利用可能ですが、古いソース ファイルの説明があります。

これは私に考えさせられたので、ブレークポイントが保存されている場所を見つけようとしましたが、それらはセクション<project root>/.idea/workspace.xmlの下にあることがわかりました<component name="XDebuggerManager">:
<component name="XDebuggerManager">
<breakpoint-manager>
<breakpoints>
...
<line-breakpoint enabled="true" type="java-line">
<url>jar://C:/Program Files/Java/jdk1.8.0_45/src.zip!/java/io/File.java</url>
<line>275</line>
<properties />
<option name="timeStamp" value="4" />
</line-breakpoint>
</breakpoints>
...
したがって、初期ファイルへの参照を保持しているようです。ローカルリポジトリから古いjarへのパスを参照するのが簡単な場合、maven、gradleなどを使用しているときにブレークポイントがまだリストに表示されるかどうかはわかりませんが、この時点で私はとにかくそれが重要だとは思わないでください。
簡単な回避策 (たぶん?!) : それでも、xml からファントムブレークポイントを手動で削除してファイルを保存すると、IJ は自動的に変更を取得し、設定を更新します。少なくとも、それを行った後、ブレークポイントはリストに表示されなくなりました。
トラッカーをすばやく検索したところ、v14.1.1 (私は現在 14.1.6 を使用しています) に影響するこの問題が明らかになりましたが、これはまだ修正されていないようです。今、私は単純な/まともな方法を考えることができません)。