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WindowsXPでSweaveドキュメントのバッチファイルを設定する方法に関する明確なドキュメントを見つけるのに問題があります。

ここにあるバッチファイルを使用しています

run.bat以下を含むバッチファイル名を作成しました。

Sweave myFile.Rnw

wdを設定した後、Sweaveファイルで最初に行うことは、RODBCパッケージを使用してデータセットで読み取られます。

library(RODBC)
fetch <- odbcConnect("myDatabase")
myData <- "select * from myTable"
x <- sqlQuery(fetch, myData)
odbcCloseAll()

バッチファイルを実行すると、次のエラーが発生します。

Error: chunk 2
Error in library(RODBC) : there is no package called RODBC
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, :
    there is no package called 'xtable'

明らかに、これらのパッケージは存在し、機能していますが、権限に問題があるか、適切なディレクトリが見つかりません。何かご意見は？

ここに関連する質問

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（GUIで）Rに入力すると、これは何を返しますか？

 .libPaths()

Rnwファイルで実行すると何が表示されますか？

のドキュメントにhelp(Startup)は、R_LIBSとそのバリアントを設定できる場所に関するいくつかの提案があります。

于 2010-08-24T16:25:56.287 に答える
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この方法には特定の制限があることを理解していますが、問題の即時解決策を見つけました。Rへの適切なパスを動的に見つけるためにCRANが提供する.batファイルの使用を断念し、Rへのパスを次のようにハードコーディングしました。

"C:\Program Files\R\R-2.11.0\bin\Rterm.exe" --vanilla <%run.r>%run.r
 del *.log
 del *.aux

この.batファイルはRを起動し、run.r2つのコマンドを含むスクリプトを実行します。

Sweave("myFile.Rnw")
tools::texi2dvi("myFile.tex", pdf=TRUE)

次に、LaTeX出力から中間ファイル.logとファイルをクリーンアップします。.aux明らかに、作業の大部分はで行われmyFile.Rnwますが、これにより、少なくとも1つのボタンをクリックして分析を実行し、PDFファイルを生成できます。

誰かがこれをより効率的にする方法を考えることができれば、私はそれをいただければ幸いです。

于 2010-08-24T18:40:35.183 に答える