アプリは複数のプロセスを使用しているため、Instant Run は有効になっていません。
Android ツール プロジェクト サイト ( http://tools.android.com/recent/androidstudio20beta6availableinthecanarychannel ) に記載されているとおり:
「(マニフェストの android:process を介して) 複数のプロセスを使用していたアプリは、Instant Run で適切に更新されていませんでした。当分の間、このようなシナリオでは Instant Run をオフにしました。」
したがって、Instant Run を体験するには、アプリが複数のプロセスを使用していないことを確認する必要があります。これについては、AndroidManifest.xml を確認してください。
複数のプロセスの使用は、インポートされたライブラリに由来する可能性があります。たとえば、LeakCanary は、独自の AndroidManifest.xml で定義された複数のプロセスを使用します。これが定義されている場所を見つける最良の方法は、プロジェクト全体 (OS X の Android Studio では Cmd-Shift-F) で「android:process」を検索することです。