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システム生物学の研究を行っています。新しい生物学的データの収集には費用がかかるため、既存のデータセットを使用することをお勧めします。したがって、私たちが作成するスクリプトの多くは、あるデータセットから別のデータセットへの変換にすぎません。

最終的に、私たちは結果をオンラインで公開します-そしてますます多くのジャーナルがこの種のものを必要としています。

したがって、プロジェクトにRailsを使用してみるのは大きな飛躍ではありませんでした。簡単に再現可能な実験を設定し、データベーステーブルを段階的にデータを変換し（たとえば、rakeを使用）、flotomaticやgnuplotなどのgemを使用して結果を表示できます。非常に高速に実行するものが必要な場合は、Riceを使用してC ++でカスタムgemを作成したり、 starlingとworklingを使用して並列化することもできます。

結局、私は他の誰かがバイオインフォマティクスや科学一般を行うためにRailsを使用しているのではないかと思い始めました。

「もし私が科学研究のRailsの宝石だったら、どうしたらいいのだろう？」と思いました。

そのような宝石にはどのような追加機能がありますか？おそらく、レーキ可能なパイプラインへの移行の適応ですか？おそらく、より高度なグラフ機能ですか？組み込みのバックグラウンドジョブ？

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バイオインフォマティクスについては、http：//bioruby.orgを参照してください。

于 2010-08-27T16:04:27.230 に答える
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私はピエールに同意します。ビオルビーがいいと思います。多くの (ほとんどの?) bioruby ユーザー/開発者はレールを使用しており、レールは bioruby プロジェクトの自然な拡張機能になっています。

以下は、レール用の bioruby コードの不完全なリストです。

  • レール アプリで bioruby コンソールを実行する - http://bioruby.open-bio.org/wiki/BioRubyOnRails

  • Ensembl の ActiveRecord (Rails デフォルト ORM) クラス - bioruby-annex.rubyforge.org/

  • Uniprot db のプラグイン - bioruby.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070410/uniprot_on_active_record_plugin

  • CHADO/Bioruby 統合の取り組み - github.com/robsyme/RubyCHADO

めちゃくちゃなリンクで申し訳ありませんが、新しいユーザーとして、複数のリンクを投稿することはできません:(

于 2010-09-12T13:19:00.507 に答える
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以前、 Michael Barton のOrganized_experimentsを使用したことがあります。DataMapper を ActiveRecord に置き換えると、非常にうまく機能します。

于 2011-02-03T05:39:12.690 に答える