コードは文字列にあります。例:
String str = "IJ.run(\"FJ Edges\", \"\");";
str を実行すると、対応するコンテンツが実行されます。
あなたが何をしたいのかは私にははっきりしていませんが、あなたが与えた例では、 IJ.run() を直接呼び出さない理由はありません-たとえば、プラグインでは次のようになります:
import ij.plugin.PlugIn;
import ij.IJ;
public class Simple_PlugIn implements PlugIn {
public void run(String arg) {
IJ.run("FJ Edges","");
}
}
String から任意の Java コードを評価したい場合は、Matt Ball のコメントで提案されているリンクが役に立ちます。
ただし、ImageJ で単純なスクリプトを実行するだけの場合は、マクロ言語または Javascript を使用する方が簡単です。前者のガイドは次の場所にあります。
http://rsbweb.nih.gov/ij/developer/macro/macros.html
(ほとんどの場合、マクロ レコーダー ([プラグイン] > [マクロ] > [記録...]) を使用してスクリプトを開始すると便利です)。