JaCoCoが非公開の空のコンストラクターを Java クラスのカバーされていないコードとして報告しないようにする例を見てみたいと思います。
私が持っているMavenプラグイン構成で
<rule>
<element>CLASS</element>
<excludes>
<exclude>JAVAC.SYNTHCLASS</exclude>
<exclude>JAVAC.SYNTHMETH</exclude>
</excludes>
</element>
</rule>
コンストラクターに似たようなものはありませんか?