イントラネットのInternetExplorerにロードされたWebページに通常のWindowsアプリケーションをホスト/埋め込み/再ペアレント化することは可能ですか？
ユーザーにイントラネットサイトのボタンを押してもらい、Windowsアプリケーションを起動して、「フレーム化」されているかのようにアプリケーション内にあるように見せたいと思います。他のアプリケーションの親を変更するWindowsアプリケーションでこれを行うことは可能だと思います。
イントラネット上のマシンを完全に制御できるので、アクセス許可を上げたり、信頼できるサイトを使用したり、HTAにしたり、必要に応じてクライアントマシンのレジストリを変更したりできます。これもInternetExplorerでのみ機能する必要があります。
ActiveXコントロールを作成したいようです。
ActiveXを使用するには、別のウィンドウハンドルにレンダリングするようにアプリケーションを変更する必要があります。ターゲットアプリケーションはどの言語で書かれていますか？
いくつかのパラメーターを使用して、またはパラメーターとしてウィンドウハンドル（Internet Explorerからのもの）を使用してdllとして呼び出すことができるように、アプリケーションを変更する必要があります。アプリケーションは、独自のウィンドウを作成する代わりに、ieからのウィンドウハンドルを使用してレンダリングする必要があります。次に、適切な引数を使用してアプリケーションをインスタンス化する以外に何もしない単純なActiveXオブジェクトを実装する必要があります。
WinFormsをwpfに埋め込むことを聞いたことがありますが、これは行ったことがありませんが、このコードプロジェクトの記事は主張しています。