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私は、data.frameそれぞれの線形間隔で構成されるを持っていますid:

df <- data.frame(id = c(rep("a",3),rep("b",4),rep("d",4)),
                 start = c(3,4,10,5,6,9,12,8,12,15,27),
                 end = c(7,8,12,8,9,13,13,10,15,26,30))

each ごとに交差するすべての間隔を統合する効率的な関数を探していますid。結果はdf次のようになります。

res.df <- data.frame(id = c("a","a","b","d","d","d"),
                     start = c(3,10,5,8,12,27),
                     end = c(8,12,13,10,26,30))

そのため、最終的には、それぞれの結合された間隔をすべて合計してid、結合された長さを取得できます。

sapply(unique(res.df$id), function(x) sum(res.df$end[which(res.df$id == x)]-res.df$start[which(res.df$id == x)]+1))
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#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite("IRanges")
library(IRanges)
df1 <- as(df, "RangedData")

as.data.frame(reduce(df1, by = "id", min.gapwidth = 0.5))

#  space start end width id
#1     1     3   8     6  a
#2     1    10  12     3  a
#3     1     5  13     9  b
#4     1     8  10     3  d
#5     1    12  26    15  d
#6     1    27  30     4  d
于 2016-03-21T11:40:37.700 に答える