1

R の doMC パッケージを使用して fastq ファイルを読み込みたいのですが、この問題に遭遇します。

do.ply(i) のエラー: タスク 1 が失敗しました - 「レコードが '@' で始まっていません」

do.ply(i) のエラー: タスク 1 が失敗しました - 「内部: buf !=」

私のコードは

library(ShortRead)
library(foreach)
library(doMC)
library(plyr)
fastq_file <- '../quantibio/data/SRR038848.fastq'
n_cores <- 2
registerDoMC(n_cores)
parallel <- T
if(n_cores==1) parallel <- F
n_lines <- countLines(fastq_file)
n_reads <- n_lines/4
threshold=1e5
n_chuncks <- ceiling(n_reads/threshold)
fq <- FastqStreamer(fastq_file, threshold)
chunck_out <- llply(1:n_chuncks, function(ii){
  f <- yield(fq)
  width_max <<- max(width(f))
  # chunck_list <-  .proc_chunk(f, width_max)
  f
  
}, .parallel=parallel,
.paropts = list(.export = c('fq'), .packages=c('ShortRead', 'Biostrings') ))
close(fq)
4

0 に答える 0