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すべてのバリアントの行が多数あり、列がコンポーネントの数を表すサンプル入力ファイルがあります。

A01_01  A01_02  A01_03  A01_04  A01_05  A01_06  A01_07  A01_08  A01_09  A01_10 A01_11   A01_12  A01_13  A01_14  A01_15  A01_16  A01_17  A01_18  A01_19  A01_20  A01_21  A01_22  A01_23  A01_24  A01_25  A01_26  A01_27  A01_28  A01_29  A01_30  A01_31  A01_32  A01_33  A01_34  A01_35  A01_36  A01_37  A01_38  A01_39  A01_40  A01_41  A01_42  A01_43  A01_44  A01_45  A01_46  A01_47  A01_48  A01_49  A01_50  A01_51  A01_52  A01_53  A01_54  A01_55  A01_56  A01_57  A01_58  A01_59  A01_60  A01_61  A01_62  A01_63  A01_64  A01_65  A01_66  A01_67  A01_69  A01_70  A01_71
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1 
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1
0   1   0   0   1   1   1   1   1   0   0   0   0   0   0   0   1   1   0   1   1   1   0   1   0   1   0   0   1   0   1   0   0   0   0   0   0   1   1   1   0   1   0   0   0   0   1   0   1   1   0   1   1   0   0   1   1   1   1   1   1   1   1   0   0   1   0   0   0   1

まず、この .txt ファイルを次のようにインポートします。

#!/usr/bin/env python
from sklearn.decomposition import PCA

inputfile=vcf=open('sample_input_file', 'r')

主成分分析を実行し、最初の 2 つの成分 (つまり、最初の 2 つの列) をプロットしたいと思います。

について読んだ後、これがそれについての方法であるかどうかはわかりません

sklearn

2 つのコンポーネントの PCA:

pca = PCA(n_components=2)
pca.fit(inputfile) #not sure how this read in this file

したがって、入力ファイルを Python のデータフレームとしてインポートして PCA を実行するのに助けが必要です

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1 に答える 1

1

sklearnnumpy 配列で動作します。

だからあなたは使いたいnumpy.loadtxt：

data = numpy.loadtxt('sample_input_file', skiprows=1)
pca = PCA(n_components=2)
pca.fit(data)
于 2016-03-27T16:41:46.160 に答える