flake8 を正常にインストールしました。
$ pip install flake8
Downloading/unpacking flake8
Downloading flake8-2.5.4-py2.py3-none-any.whl
Downloading/unpacking mccabe<0.5,>=0.2.1 (from flake8)
Downloading mccabe-0.4.0-py2.py3-none-any.whl
Downloading/unpacking pep8!=1.6.0,!=1.6.1,!=1.6.2,>=1.5.7 (from flake8)
Downloading pep8-1.7.0-py2.py3-none-any.whl (41kB): 41kB downloaded
Downloading/unpacking pyflakes<1.1,>=0.8.1 (from flake8)
Downloading pyflakes-1.0.0-py2.py3-none-any.whl (152kB): 152kB downloaded
Installing collected packages: flake8, mccabe, pep8, pyflakes
Successfully installed flake8 mccabe pep8 pyflakes
Cleaning up...
$ pip list|grep flake
flake8 (2.5.4)
pyflakes (1.0.0)
しかし、/usr (/usr/bin/、/usr/sbin/、/usr/local/...) の下のどのディレクトリにも表示されません。つまり、「which flake8」には何も表示されないので、コンソールから手動で使用して、手順のようにスクリプトを検証しないでください。