README.mdに書かれているコマンドが動かない (ocamlfind の使い方が示されている) ppx_metaquot 実行ファイルは一種の書き換えファイルであることがわかっているので、このように準引用符を使用してコードを翻訳できます。
ocamlfind ppx_tools/rewriter ~/.opam/system/lib/ppx_tools/ppx_metaquot sample.ml
と思いますが、これは想定外の使い方かもしれませんので、正しい使い方を教えてください。