ガウス キューブ ファイル形式として報告されたボリューム データを含むいくつかのファイルを分析しています (説明については、ここをクリックしてください)。
numpy と skimage を使用して等値面を計算して表すために、Python でこのスクリプトを作成しました。
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d.art3d import Poly3DCollection
from skimage import measure
from skimage.draw import ellipsoid
import load_cube
# create an object and read in data from file
cube=load_cube.CUBE(gaussian_cube_file.cube)
# Obtain the surface mesh setting a specific isovalue (0.2)
verts, faces = measure.marching_cubes(cube.data, 0.2)
# Display resulting triangular mesh using Matplotlib.
fig = plt.figure(figsize=(10, 12))
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
# Generate triangles
mesh = Poly3DCollection(verts[faces])
ax.add_collection3d(mesh)
ax.set_xlabel("x-axis: a = 6")
ax.set_ylabel("y-axis: b = 10")
ax.set_zlabel("z-axis: c = 16")
ax.set_xlim(0, 100)
ax.set_ylim(0, 100)
ax.set_zlim(0, 100)
plt.show()
質問は次のとおりです。結果のプロットに表示されるすべての等値面の合計面積を計算するにはどうすればよいですか? 値に基づいて各三角形に色を付けるにはどうすればよいですか?