0

私はまだ R でプロットを操作する経験が比較的浅く、支援が必要です。関数を使用して R で冗長性分析を実行しましたrda()が、不要な情報を除外するために図を単純化する必要があります。私が現在使用しているコードは次のとおりです。

abio1516<-read.csv("1516 descriptors.csv")
attach(abio1516)
bio1516<-read.csv("1516habund.csv")
attach(bio1516)
rda1516<-rda(bio1516[,2:18],abio1516[,2:6])

anova(rda1516)
RsquareAdj(rda1516)
summary(rda1516)

  varpart(bio1516[,2:18],~Distance_to_source,~Depth, ~Veg._cover, ~Surface_area,data=abio1516)
plot(rda1516,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",main="1516; P=, R^2=",
     ylab="Driven by , Var explained=",xlab="Driven by , Var explained=")

作成されたプロットは次のようになります。 rda プロット

コードを次のように変更するのを手伝ってください: サイト (sit#)、すべての軸、および内部の破線を除外します。

また、フィールドのサイズを拡大するか、ベクトル ラベルをすべてプロット フィールドに収まるように移動したいと思います。

応答に従って更新され、この時点より下の作業コード

plot(rda,bty="n",xaxt="n",yaxt="n",type="n",main="xxx",ylab="xxx",xlab="xxx
Overall best:xxx")

abline(h=0,v=0,col="white",lwd=3)
points(rda,display="species",col="blue")
points(rda,display="cn",col="black")
text(rda,display="cn",col="black")

ここに画像の説明を入力

4

1 に答える 1

1

type = "n"必要なものを追加できる空のプロットを生成するrda をプロットすることから始めます。点線は plot.cca 関数にハード コードされているため、独自のバージョンを作成するか、 を使用ablineして非表示にする必要があります (次に、 を使用boxして軸の穴を覆います)。

require(vegan)
data(dune, dune.env)
rda1516 <- rda(dune~., data = dune.env)

plot(rda1516, type = "n")
abline(h = 0, v = 0, col = "white", lwd = 3)
box()
points(rda1516, display = "species")
points(rda1516, display = "cn", col = "blue")
text(rda1516, display = "cn", col = "blue")

textラベルが正しい位置にない場合は、引数posを使用してそれらを移動できます (ラベルを下、左、上、または右に移動するために、整数 1 から 4 で矢印の数だけベクトルを作成します。 （これにはもっと良い解決策があるかもしれません）

于 2016-04-22T17:21:38.160 に答える