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いくつかの EEG データを分析する必要があり、前処理手順を自動化しようとしています。

40名の参加者がいます。すべての参加者は、4 つの条件に対して 4 つの異なるファイルを持っています。

したがって、ファイルは次のように保存されます

1-1  
1-2  
1-3  
1-4  
2-1  
2-2  
2-3  
2-4  
...

40-4まで

ファイルは BioSemi (.bdf) からのものです。

前処理手順を自動化できましたが、毎回別のファイルを選択し、スクリプトを実行して保存する必要があります。

すべてを単独で実行する for ループを実行したいと思います (1-1 を取る、前処理を実行する、保存する、1-2 を取る...など)。

以下に、これまでに取得したものを貼り付けます。

私は一日中 for ループを書こうとしてきましたが、うまくいきません。

助けていただければ幸いです。

これは現在の前処理スクリプトです。

subject = '1-1.bdf'  

%Open EEGLAB and inizialize several EEGLAB variables (listed in the output
%function  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  

%Load a file  
%EEG=pop_loadset;  % pop up window to input arguments  

EEG = pop_biosig(subject)  %Reads in the dataset frin a BIOSEMI file  

% Stores the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET ] = eeg_store(ALLEEG, EEG);  

%Change sampling rate to 512  
EEG = eeg_checkset( EEG );    
EEG = pop_resample( EEG, 512);    
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, CURRENTSET); %save it as a new dataset  

% Edit Channel Location  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG=pop_chanedit(EEG, 'lookup','D:\\Matlab\\eeglab_current\\eeglab13_5_4b\\plugins\\dipfit2.3\\standard_BESA\\standard-10-5-cap385.elp');  
% Store the dataset into EEGLAB  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

% Add some comments  
EEG.comments = pop_comments(EEG.comments,'','Sampling rate was changed to 512.',1);  
% You can see the comments stored with the dataset either by typing >> EEG.comments or selecting the menu option Edit->About this dataset.  

%Select Data. Remove EXG5:EXG8   
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_select( EEG,'nochannel',{'EXG5' 'EXG6' 'EXG7' 'EXG8'});  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%HighPassFilter 0.5  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0.5, 0, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

%LowPassFilter 50  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_eegfilt( EEG, 0, 50, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  


%ReReference to 35 36 (EXG3. EXG4)  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_reref( EEG, [35 36] );  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');   

% Reject Continuous By Eye  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
pop_eegplot( EEG, 1, 0, 1);  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes  

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%Automatic Channel Rejection  
EEG = eeg_checkset( EEG );  
EEG = pop_rejchan(EEG, 'elec',[1:34]   ,'threshold',5,'norm','on','measure','prob');  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off');  

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes
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MATLAB スクリプトを実行できるように、ループ内でファイル名にアクセスする方法を次に示します。最も簡単な方法は、.bdf ファイルを単独でフォルダーに入れることです。次に、次のように、必要な機能をラップする関数を記述します。

function run_script_with_loop(pathname)

file_struct_list = dir([pathname filesep() '*.bdf']);  %% get list of .bdf files in the pathname specified

filename_list = {file_struct_list.name};  %% extract the filenames into a cellarray
for subject = filename_list  %% this iterates over the elements of the cell array, one-by-one, setting the `filename` variable like a loop variable
    [ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab;  
    full_pathname = [pathname filesep() subject{1}];
    EEG = pop_biosig(full_pathname);  %% perform your processing
    ...
end

いくつかのコメント:

  • を使用してプラットフォームに依存しないようにしようとしているfilesep()ので、これは linux / mac / windows で動作するはずです。コードをデータ ファイルと同じディレクトリで実行している場合は、これを単純化できます。

  • {}逆参照するときは必ず中かっこを使用してくださいsubject。で標準の matlab 配列参照を使用するとsubject(1)、単純なファイル名文字列だけでなく、ファイル名文字列を含むセル配列が取得されます。

  • dir()MATLABのコマンドはdir、Windows や Linux と同じように機能し、ワイルドカードを使用して、サブジェクト 1 のデータ ファイルのリストのみを取得するlsなど、ファイルのカスタマイズされたリストを取得できます。dir('1-*.bdf')

于 2016-04-25T20:38:40.990 に答える