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パッケージを使用してpkgdown、R パッケージ (RTCGA と呼ばれる) のエレガントで静的なマニュアル ページを生成しています。コードを実行して静的ドキュメントをウェブサイトとして生成するときは、次のコマンドを使用します

> pkgdown::build_site()
Initialising site -------------------------------------------------------------------------------------
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/jquery.sticky-kit.min.js'
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/link.svg'
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.css'
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.js'
Building home -----------------------------------------------------------------------------------------
Writing '/home/mkosinski/GitHub/RTCGA/docs/index.html'
Building function reference ---------------------------------------------------------------------------
Loading RTCGA
Welcome to the RTCGA (version: 1.5.1).
trying URL 'http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2015_11_01/data/ACC/20151101/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_mirnaseq__illuminahiseq_mirnaseq__bcgsc_ca__Level_3__miR_gene_expression__data.Level_3.2015110100.0.0.tar.gz'
Content type 'unknown' length 309876 bytes (302 KB)
==================================================
downloaded 302 KB

Warning: Topics missing from index: RTCGA-package, theme_RTCGA
Building articles -------------------------------------------------------------------------------------
Building article 'RTCGA_Workflow.html'
Building article 'Web_Applications.html'

このコードはRTCGAパッケージ プロジェクトのルートで評価され、RTCGA が読み込まれ、ドキュメントが作成されたという情報を提供します。

しかし、ほとんどのページのドキュメントにバグが見つかりました - エラーを伝えるエラーがあります

エラー: 「RTCGA.rnaseq」に必要なパッケージ「RTCGA」が見つかりませんでした

ここに画像の説明を入力

したがって、どの例も実行できません。さらに、library(RTCGA.rnaseq)使用後に実行すると、build_site依存RTCGAパッケージをロードできなくなりました

> library(RTCGA)
> library(RTCGA.rnaseq)
Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found

依存パッケージlibrary(RTCGA.rnaseq)を呼び出さずに新しいセッションで実行すると、警告なしで正常にロードされます。pkgdown::build_siteRTCGA

これは、実行する設定が原因であると思われますが、build_siteそれらを解決する方法と、pkgdownパッケージを使用して適切な静的ドキュメントを作成する方法についてはわかりません。

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厄介な回避策を見つけたようです。 RTCGAソフトウェア パッケージは、その例で 8 つのデータ パッケージを使用します。各データ パッケージには、RTCGA をロードする必要がありました。pkgdown::build_site()RTCGAdevtools::load_all()からオブジェクトのみを奇妙にロードしますが、サンプルの実行中にこのパッケージをロードすることはできません。

これらのパッケージのメタ情報を次のように変更して、データパッケージRTCGAから削除しましたDepends

packages_to_remove_RTCGA_from_Depends <- 
  c("RTCGA.clinical",
    "RTCGA.mutations",
    "RTCGA.rnaseq",
    "RTCGA.RPPA",
    "RTCGA.mRNA",
    "RTCGA.miRNASeq",
    "RTCGA.methylation",
    "RTCGA.CNV")

sapply(packages_to_remove_RTCGA_from_Depends, function(data_package){
  Meta <- readRDS(file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds"))
  Meta$Depends <- list()
  saveRDS(Meta, file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds"))
})
于 2016-12-18T18:33:17.397 に答える