SonarQube を SN4.0 から SN5.5 にアップグレードしようとしています。PDFレポートを利用できるように、mavenスキャナー（sonar-maven-plugin-3.0.2.jar）を使用したいと思います。残念ながら、「ファイルはプラグインではありません。削除して再起動してください: sonar-maven-plugin-3.0.2.jar」とヒットしています。
http://mvnrepository.com/artifact/org.sonarsource.scanner.maven/sonar-maven-plugin/3.0.2で sonar-maven-plugin-3.0.2.jar をダウンロードしました。SN5.5 セットアップで見逃したことはありますか?
Maven 用のSonarQube スキャナーはプラグインではなく、スキャナーです。そのため、エラーextensions/pluginsに従ってにデプロイする必要はありません。File is not a plugin. Please delete it and restart..
あなたの他のエラー:
[エラー] 実行に失敗しました...: org.sonarsource.scanner.maven:sonar -maven-plugin:3.0.2:sonar: java.lang.NoSuchMethodError: org.sonar.api.resources の実行中に API の非互換性が発生しました. Project.getConfiguration()Lorg/Apache/commons/configuration/構成
これは、SonarQube 5.5 と互換性のないプラグインが原因である可能性が最も高いです。SonarQube サーバーにインストールされているプラグインを確認し、そのバージョンをPlugin Version Matrixと照合します。