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この回答に基づいて、この課題の解決策を書きました。指定された例のケースは正常に処理されますが、実際のケースは処理されません。

チャレンジ：

s2 つの文字列とが与えられた場合t、tは の部分文字列です(結果として、は に連続したシンボルのコレクションとして含まれている必要があります)。ststs

文字列内の記号の位置は、それ自体を含め、その左側にある記号の総数です (たとえば、「AUGCUUCAGAAAGGUCUUACG」の「U」のすべての出現位置は、2、5、6、15、17、および 18 です)。 ）。iの位置の記号sは で示されs[i]ます。

の部分文字列はsとして表すことができますs[j:k]。ここで、jとkは の部分文字列の開始位置と終了位置を表しsます。たとえば、if s = "AUGCUUCAGAAAGGUCUUACG"、 then s[2:5] = "UGCU"。

部分文字列の位置s[j:k]はその開始位置jです。の部分文字列として複数回出現する場合tは、 に複数の場所があることに注意してください (以下のサンプルを参照)。ss

与えられた:

2 つの DNA ストリングsおよびt(それぞれの長さが最大 ​​1 kbp)。

戻る：

tの部分文字列としての のすべての場所s。

サンプル データセット:

GATATATGCATATACTT
ATAT

サンプル出力:

2 4 10

サンプルでは、​​動作します。確かに、手動で書式設定をトリミングする必要がありますが、それはほんの数秒の作業です。

実際のデータと生成された出力は受け入れられません。

実際のデータセット:

CAAATAGTCACACAATAGTCGGCTAAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAGAGCTAATAGTCTAAATAGTCGAAAAATAGTCATCAATAGTCTAAATAGTCAATAGTCGGAATAGTCAAAATAGTCAATAGTCAATAGTCAATAGTCGACTAAATAGTCCCAATAGTCTCAGAAATAGTCAATAGTCGTAATAGTCAATAGTCTAATAGTCTAATAGTCCAATAGTCTGTCAAATAGTCAATAGTCCAATAGTCGTTTAATAGTCCCCTTTACCAATAGTCAATAGTCCGAATAGTCAGGAATAGTCAGCACTAATAGTCAATAGTCCTAATAGTCCCAATAGTCAAAATAGTCAATAGTCTAAATAATAGTCCTAGCAGAAGAATAGTCTAATAGTCGGCAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAGAATAGTCAAATAGTCGAAATAGTCAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCGAATAGTCTGTAATAGTCAATAGTCCTTCAATAGTCTAATAGTCATTCAATAGTCAAGAAATAGTCGGGGGAATAGTCCGAATAGTCAAATAGTCAATAGTCGAATAGTCTAATAGTCAATAGTCTAATAGTCTGATAATAGTCAAATAGTCAATAGTCTAAATAGTCGCCTATGCCAATAGTCTTATCAAATAGTCTCTTAATAGTCTAATAGTCAATAGTCAATAGTCTAATAGTCATAATAGTCAATAGTCAAGGAATAGTCCCATAATAGTCAATAGTCTTAATAGTCCAAACGAAATAGTCTTAATAGTCCCTAATAGTCACTAATAGTCGTAATAGTCATAATAGTCCAATAGTCTAAATAGTCTGCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCCGTACAATAGTCTTAATAGTCTTTGCGGCTCAATAGTCTCATAATAGTC
AATAGTCAA

実際の出力 (トリミング):

26 33 93 109 118 125 132

コード：

def find_substring_locations(long, short)
  mpos = []
  re = Regexp.new(short)
  m = i = 0
  m = re.match( long, i ) { |k| j = k.begin(0); i = j + 1; mpos << j } while m
  return mpos
end

def plus_one(input)
  arr = []
  for i in input
    arr << (i += 1)
  end
  arr
end

main_string = gets.chomp
sub_string = gets.chomp
plus_one(find_substring_locations(main_string, sub_string))

どこで私は間違えましたか？順調のようです。

編集： 問題は環境の問題であることがわかりました。再起動後、問題を再現できませんでした。

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2 に答える 2

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私はあなたのコードが正しいと思います。ソリューションはplus_one単純化できます。

m = re.match( long, i ) { |k| j = k.begin(0); i = j + 1; mpos << j + 1} while m

しかし、もっと簡単に実装する方法があります。正規表現は必要ありません。部分文字列一致のインデックスを検索する簡単な方法があります。

String#index追加の引数、開始インデックスを取ります。

input = "CAAATAGTCACACAATAGTCGGCTAAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAGAGCTAATAGTCTAAATAGTCGAAAAATAGTCATCAATAGTCTAAATAGTCAATAGTCGGAATAGTCAAAATAGTCAATAGTCAATAGTCAATAGTCGACTAAATAGTCCCAATAGTCTCAGAAATAGTCAATAGTCGTAATAGTCAATAGTCTAATAGTCTAATAGTCCAATAGTCTGTCAAATAGTCAATAGTCCAATAGTCGTTTAATAGTCCCCTTTACCAATAGTCAATAGTCCGAATAGTCAGGAATAGTCAGCACTAATAGTCAATAGTCCTAATAGTCCCAATAGTCAAAATAGTCAATAGTCTAAATAATAGTCCTAGCAGAAGAATAGTCTAATAGTCGGCAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAGAATAGTCAAATAGTCGAAATAGTCAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCGAATAGTCTGTAATAGTCAATAGTCCTTCAATAGTCTAATAGTCATTCAATAGTCAAGAAATAGTCGGGGGAATAGTCCGAATAGTCAAATAGTCAATAGTCGAATAGTCTAATAGTCAATAGTCTAATAGTCTGATAATAGTCAAATAGTCAATAGTCTAAATAGTCGCCTATGCCAATAGTCTTATCAAATAGTCTCTTAATAGTCTAATAGTCAATAGTCAATAGTCTAATAGTCATAATAGTCAATAGTCAAGGAATAGTCCCATAATAGTCAATAGTCTTAATAGTCCAAACGAAATAGTCTTAATAGTCCCTAATAGTCACTAATAGTCGTAATAGTCATAATAGTCCAATAGTCTAAATAGTCTGCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCCGTACAATAGTCTTAATAGTCTTTGCGGCTCAATAGTCTCATAATAGTC"
query = "AATAGTCAA"

def substring_index(input, query)
  last = 0
  matches = []

  while index = input.index(query, last) do
    matches << index += 1
    last = index
  end
  matches
end


p substring_index(input, query)
# => [26, 33, 93, 109, 118, 125, 132, 172, 188, 231, 273, 312, 337, 346, 400, 407, 424, 441, 448, 455, 463, 471, 478, 486, 494, 520, 557, 589, 597, 620, 646, 654, 718, 725, 749, 756, 778, 882, 890]
于 2016-05-23T15:05:30.297 に答える
1

実際には答えではありませんが、コードは期待どおりに機能します:

s = 'CAAATAGTCACACAATAGTCGGCTAAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAGAGCTAATAGTCTAAA'\
    'TAGTCGAAAAATAGTCATCAATAGTCTAAATAGTCAATAGTCGGAATAGTCAAAATAGTCAATA'\
    'GTCAATAGTCAATAGTCGACTAAATAGTCCCAATAGTCTCAGAAATAGTCAATAGTCGTAATAG'\
    'TCAATAGTCTAATAGTCTAATAGTCCAATAGTCTGTCAAATAGTCAATAGTCCAATAGTCGTTT'\
    'AATAGTCCCCTTTACCAATAGTCAATAGTCCGAATAGTCAGGAATAGTCAGCACTAATAGTCAA'\
    'TAGTCCTAATAGTCCCAATAGTCAAAATAGTCAATAGTCTAAATAATAGTCCTAGCAGAAGAAT'\
    'AGTCTAATAGTCGGCAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAGAATAGTCAAATAGTCGAAATAGTCA'\
    'ATAGTCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCAAATAGTCGAAT'\
    'AGTCTGTAATAGTCAATAGTCCTTCAATAGTCTAATAGTCATTCAATAGTCAAGAAATAGTCGG'\
    'GGGAATAGTCCGAATAGTCAAATAGTCAATAGTCGAATAGTCTAATAGTCAATAGTCTAATAGT'\
    'CTGATAATAGTCAAATAGTCAATAGTCTAAATAGTCGCCTATGCCAATAGTCTTATCAAATAGT'\
    'CTCTTAATAGTCTAATAGTCAATAGTCAATAGTCTAATAGTCATAATAGTCAATAGTCAAGGAA'\
    'TAGTCCCATAATAGTCAATAGTCTTAATAGTCCAAACGAAATAGTCTTAATAGTCCCTAATAGT'\
    'CACTAATAGTCGTAATAGTCATAATAGTCCAATAGTCTAAATAGTCTGCAATAGTCAAATAGTC'\
    'AAATAGTCCGTACAATAGTCTTAATAGTCTTTGCGGCTCAATAGTCTCATAATAGTC'

t = 'AATAGTCAA'

plus_one(find_substring_locations(s, t))
#=> [26, 33, 93, 109, 118, 125, 132, 172, 188, 231, 273, 312, 337, 346,
#    400, 407, 424, 441, 448, 455, 463, 471, 478, 486, 494, 520, 557,
#    589, 597, 620, 646, 654, 718, 725, 749, 756, 778, 882, 890]
于 2016-05-23T15:12:59.903 に答える