アプリケーションプール設定を介して、完全なIISで(「統合モード」から)「クラシックモード」に切り替える方法を知っています。しかし、現在のIISDeveloperExpressベータ版でそれを行う方法を見つけることができません。
MS Developer Express FAQには、それは可能であると書かれていますが、その方法はありません。私の知る限り、これはWebMatrixGUIにはありません。Developer Expressプロジェクトファイルのカスタマイズかもしれませんが、そのためのドキュメントはまったくありません。
参考までに、SSL、CLRバージョン(この場合は2.0)を設定できる設定領域があります。これは、パイプラインモード(クラシック/統合)があると思いますが、そこにはありません。