python - 距離行列を newick 文字列形式の系統樹に変換する

Question

FASTA ファイルを読み取って距離行列を作成しました。今度は、newick 文字列形式で系統樹を生成する関数を作成するよう求められます。この関数は、距離行列を 1 つの引数に取ります。最初にいくつかのコードを教えてください。

フォーマット例:

print(upgma(エドワーズ))

(E:17.00,((((F:0.50,B:0.50):5.75,G:6.25):2.00,(D:4.00,A:4.00):4.25):6.25,C:14.50):2.50)

Answer 1

BioPython のSeq型にはメソッドがありませんiter_kmer。おそらく、から同等のクラスを探していますskbioか? http://scikit-bio.org/docs/0.4.2/generated/skbio.sequence.GrammaredSequence.iter_kmers.html