O'Reilly ビデオ チュートリアル ( http://shop.oreilly.com/product/0636920044260.do )の指示に従って、MacOS 10.10.5 で Jupyter ノートブックの新規インストールを実行しています。miniconda をインストールした後、R カーネル用の環境を作成します。
conda create -n jupyter_r -c r r-irkernel r-recommended r-essentials anaconda rpy2 -y
その環境内で、jupyter ノートブックを開始して、新しい R ノートブックを作成できます。
ただし、実行しようとすると：
library(dplyr)
Dead kernel エラーが発生し、ターミナルでカーネルが再起動します。
私は正常に実行できます：
library(ggplot2)
library(lattice)
library(reshape2)
クラッシュの原因と思われるのはライブラリ（dplyr）だけです。また、これが anaconda と miniconda の両方のインストールで発生することも確認しました。
クラッシュからの出力は次のとおりです。
*** caught segfault ***
address 0x18, cause 'memory not mapped'
Traceback:
1: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
2: library.dynam(lib, package, package.lib)
3: loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc))
4: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
5: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
7: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) { if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch))) call <- sys.call(-4L) dcall <- deparse(call)[1L] prefix <- paste("Error in", dcall, ": ") LONG <- 75L msg <- conditionMessage(e) sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]] w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w") if (is.na(w)) w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L], type = "b") if (w > LONG) prefix <- paste0(prefix, "\n ") } else prefix <- "Error : " msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"), TRUE)) { cat(msg, file = stderr()) .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
8: try({ ns <- loadNamespace(package, c(which.lib.loc, lib.loc)) env <- attachNamespace(ns, pos = pos, deps)})
9: library(dplyr)
10: eval(expr, envir, enclos)
11: eval(expr, envir, enclos)
12: withVisible(eval(expr, envir, enclos))
13: withCallingHandlers(withVisible(eval(expr, envir, enclos)), warning = wHandler, error = eHandler, message = mHandler)
14: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
15: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
16: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
17: tryCatch(expr, error = function(e) { call <- conditionCall(e) if (!is.null(call)) { if (identical(call[[1L]], quote(doTryCatch))) call <- sys.call(-4L) dcall <- deparse(call)[1L] prefix <- paste("Error in", dcall, ": ") LONG <- 75L msg <- conditionMessage(e) sm <- strsplit(msg, "\n")[[1L]] w <- 14L + nchar(dcall, type = "w") + nchar(sm[1L], type = "w") if (is.na(w)) w <- 14L + nchar(dcall, type = "b") + nchar(sm[1L], type = "b") if (w > LONG) prefix <- paste0(prefix, "\n ") } else prefix <- "Error : " msg <- paste0(prefix, conditionMessage(e), "\n") .Internal(seterrmessage(msg[1L])) if (!silent && identical(getOption("show.error.messages"), TRUE)) { cat(msg, file = stderr()) .Internal(printDeferredWarnings()) } invisible(structure(msg, class = "try-error", condition = e))})
18: try(f, silent = TRUE)
19: handle(ev <- withCallingHandlers(withVisible(eval(expr, envir, enclos)), warning = wHandler, error = eHandler, message = mHandler))
20: evaluate_call(expr, parsed$src[[i]], envir = envir, enclos = enclos, debug = debug, last = i == length(out), use_try = stop_on_error != 2L, keep_warning = keep_warning, keep_message = keep_message, output_handler = output_handler)
21: evaluate(request$content$code, envir = .GlobalEnv, output_handler = oh, stop_on_error = 0L)
22: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
23: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
24: tryCatchList(expr, names[-nh], parentenv, handlers[-nh])
25: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
26: tryCatchOne(tryCatchList(expr, names[-nh], parentenv, handlers[-nh]), names[nh], parentenv, handlers[[nh]])
27: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
28: tryCatch(evaluate(request$content$code, envir = .GlobalEnv, output_handler = oh, stop_on_error = 0L), interrupt = function(cond) interrupted <<- TRUE, error = handle_error)
29: executor$execute(msg)
30: handle_shell()
31: kernel$run()
32: IRkernel::main()
aborting ...
[I 15:33:17.931 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5)
これを引き起こしている原因について何か提案はありますか? jupyter カーネルが自然にクラッシュすることへの言及をいくつか見つけましたが、特に dplyr に関連付けられていると思われるものは何もありません。
ありがとう、
アレックス