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私は MITgcm と協力してシミュレーションを行い、特に内部波動モデルを操作しています。結果を含む .nc ファイルを取得しましたが、一部の変数がまったく同じ座標にありません。私は自分自身を説明します：私は速度の成分を計算したいのですが、完全には理解できないいくつかの数値的な理由から、水平速度座標はセルの左側にあり、垂直座標はセルの下部にあります. 速度データを操作するには、すべての座標の参照を統一する必要があります。

私はこのようなことをすることを考えました

 u (i,j,k) = u(i,j,k) + u(i+1,j,k)
 v (i,j,k) = v(i,j,k) + v(i,j+1,k)

したがって、座標はすべてセルの中心にあり、同じ参照になります。

Pythonを使用してNetCDFファイルを編集する方法がわかりません。すべてのuおよびvデータを抽出し、前述のように編集し、この 2 つの変数だけで新しい NetCDF ファイルを作成するだけで満足できます。

それは可能ですか？どうやってやるの？

編集：ncdump情報を追加

   netcdf state.global {
dimensions:
    T = UNLIMITED ; // (10001 currently)
    Xp1 = 61 ;
    Y = 1 ;
    Z = 20 ;
    X = 60 ;
    Yp1 = 2 ;
    Zl = 20 ;
variables:
    double Xp1(Xp1) ;
        Xp1:long_name = "X-Coordinate of cell corner" ;
        Xp1:units = "meters" ;
    double Y(Y) ;
        Y:long_name = "Y-Coordinate of cell center" ;
        Y:units = "meters" ;
    double Z(Z) ;
        Z:long_name = "vertical coordinate of cell center" ;
        Z:units = "meters" ;
        Z:positive = "up" ;
    double X(X) ;
        X:long_name = "X-coordinate of cell center" ;
        X:units = "meters" ;
    double Yp1(Yp1) ;
        Yp1:long_name = "Y-Coordinate of cell corner" ;
        Yp1:units = "meters" ;
    double Zl(Zl) ;
        Zl:long_name = "vertical coordinate of upper cell interface" ;
        Zl:units = "meters" ;
        Zl:positive = "up" ;
    double T(T) ;
        T:long_name = "model_time" ;
        T:units = "s" ;
    int iter(T) ;
        iter:long_name = "iteration_count" ;
    double U(T, Z, Y, Xp1) ;
        U:units = "m/s" ;
        U:coordinates = "XU YU RC iter" ;
    double V(T, Z, Yp1, X) ;
        V:units = "m/s" ;
        V:coordinates = "XV YV RC iter" ;
    double Temp(T, Z, Y, X) ;
        Temp:units = "degC" ;
        Temp:long_name = "potential_temperature" ;
        Temp:coordinates = "XC YC RC iter" ;
    double S(T, Z, Y, X) ;
        S:long_name = "salinity" ;
        S:coordinates = "XC YC RC iter" ;
    double Eta(T, Y, X) ;
        Eta:long_name = "free-surface_r-anomaly" ;
        Eta:units = "m" ;
        Eta:coordinates = "XC YC iter" ;
    double W(T, Zl, Y, X) ;
        W:units = "m/s" ;
        W:coordinates = "XC YC RC iter" ;

// global attributes:
        :MITgcm_version = "****************" ;
        :build_user = "************" ;
        :build_host = "**************" ;
        :build_date = "*******************" ;
        :MITgcm_URL = "***************" ;
        :MITgcm_tag_id = "*******************" ;
        :MITgcm_mnc_ver = 0.9 ;
        :sNx = 30 ;
        :sNy = 1 ;
        :OLx = 2 ;
        :OLy = 2 ;
        :nSx = 2 ;
        :nSy = 1 ;
        :nPx = 1 ;
        :nPy = 1 ;
        :Nx = 60 ;
        :Ny = 1 ;
        :Nr = 20 ;
}
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そのモデルは、U 速度が西/東のグリッド面で解決され、V 速度が北/南面で解決されるスタガード グリッドを使用しています。

u- と v- がそれぞれ各グリッド セルの中央に配置されるように、コンポーネントを後処理する必要があることは正しいです。

nxを x 次元 (つまり、u 成分が解かれる場所)nyのグリッド セルの数、y 次元 (つまり、v 成分が解かれる場所)のグリッド セルの数と定義しましょう。nz垂直モデル レイヤーの数です。

次にu、次元nx+1x nyxnzを持ち、次元x xをv持ちます。次に、各セルの中心を取得するのは単純な平均です。nxny+1nzuv

u_center = 0.5 * (u[0:nx,:,:] + u[1:nx+1,:,:]) # now has dimensions [nx,ny,nz])

v_center = 0.5 * (v[:,0:ny,:] + v[:,1:ny+1,:]) # now has dimensions [nx,ny,nz])

import netCDF4
import numpy as np

ncfile = netCDF4.Dataset('/path/to/file/foo.nc', 'r')
u = ncfile.variables['u'][:,:,:] # nx+1 x ny x nz 
v = ncfile.variables['v'][:,:,:] # nx x ny+1 x nz 

nx = np.shape(u)[0] - 1 
ny = np.shape(v)[1] - 1 
nz = np.shape(u)[2] 

u_center = 0.5 * (u[0:nx,:,:] + u[1:nx+1,:,:]) 
v_center = 0.5 * (v[:,0:ny,:] + v[:,1:ny+1,:])

# Write out u_center and v_center into a new netCDF file
ncfile_out = netCDF4.Dataset('./output.nc', 'w')
ncfile_out.createDimension('longitude', nx)
ncfile_out.createDimension('latitude', ny)
ncfile_out.createDimension('level', nz)
u_out = ncfile_out.createVariable('u_center', 'f4', ('longitude', 'latitude', 'level')
v_out = ncfile_out.createVariable('v_center', 'f4', ('longitude', 'latitude', 'level')
u_out[:,:,:] = u_center[:,:,:]
v_out[:,:,:] = v_center[:,:,:]
ncfile_out.close()
于 2016-06-02T14:58:02.607 に答える