少しグーグルで検索しましたが、NDK の例はすべて com.android.tools.build:gradle-experimental:0.7.0 を使用しているようです。
https://github.com/googlesamples/android-ndkの例でも com.android.tools.build:gradle-experimental:0.7.0 を使用しています。
com.android.tools.build:gradle:2.1.0 に切り替えると、これらのプロジェクトはビルドされません。まず、 のプラグインが見つからないapply plugin: 'com.android.model.application'( に変更する必要があった) というエラーがあり、、などの'com.android.application'内の記号を解決できません。android.ndk { ... }CFlagscppFlagsldLibs
http://google.github.io/android-gradle-dsl/current/index.htmlによると、ndk セクション全体が削除されたようです。
Android Studio 2.1 で com.android.tools.build:gradle:2.1.0 を使用して Hello World NDK アプリを適切にビルドする方法について、正しい方向を教えてください。ここで見逃しているトリックがいくつかあるはずです。