おそらく、生成した MSI が 32 ビットの MSI であり、32 ビットのフォルダー パスにしかアクセスできないためです。したがって、OS は自動的にリダイレクトを実行します。
MSI パッケージの種類は、Windows SDK にある無料のツール Orca で確認できます。MSI のパッケージ タイプ情報は、[概要情報] メニューにあります。または、インストールの詳細なログを生成することもできます。ほとんどの場合、パスのリダイレクトに関する情報が含まれています。
詳細ログ生成のコマンド ライン:
msiexec.exe /i < MSI のフル パス > /L*V < ログ ファイル名を含むログ ファイルのフル パス >
実際には、MSI の「任意の CPU」とは、32 ビットと 64 ビットの両方のマシンで実行できる 32 ビット MSI を取得することを意味します。ご想像のとおり、64 ビット MSI は 32 ビット マシンにインストールできません。
Windows インストーラーは、混在する MSI パッケージをサポートしていません。アーキテクチャごとに 1 つずつ、2 つの MSI をバンドルし、実行中の OS に基づいて正しい MSI を起動する EXE ブートストラップを構築する、他のセットアップ オーサリング ツールがあります。
このSO 同様/関連スレッドにも記載されているように、高度なインストーラーは混合パッケージをビルドできます。他の開発ツールと同様に、他のオプションもあります。上でリンクした SO スレッドを参照してください。