X11 を使用せずに Linux クラスター コンピューティング ノードで jupyter IPython ノートブックを実行することがよくありますが、問題はありません。ただし、同じセットアップで R カーネルを実行すると、うまく機能しません。
マシンの詳細は次のとおりです。
- CentOS 7.2
- X11、png、cairo 機能を備えた R 3.3.1
- アナコンダ 4.0.0 (python 2.7.11)
ノートブックを起動するだけで、最初のセルがログに記録された状態で実行された後にカーネルがクラッシュします。
unable to open connection to X11 display ''
でノートブックを起動することで動作させることができますxvfb-run jupyter notebook。これにより、セルで R コマンドを実行できますが、プロットを作成しようとすると、次のようになります。
Error in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, : X11 font -adobe-helvetica-%s-%s-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*, face 1 at size 9 could not be loaded
x11 フォントをインストールできれば動作すると思いますが、これはクラスターの計算ノード上にあり、それらをインストールするための管理者権限がありません。
X11なしでLinuxマシンでグラフィックスを生成するためにRカーネルでjupyterノートブックを構成する正しい方法は何ですか?