Travis CI でテストされているR プロジェクトに取り組んでいます。テストをローカルで実行すると、すべてのテストに合格します。これらのテストを Travis CI で実行すると、一部のテストが失敗します。testthat
問題は、テストの実行後に表示される詳細なエラー メッセージを確認できないことです。
Travis のエラーの「上部」が表示されます。
ERROR
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Last 13 lines of output:
OK: 825 SKIPPED: 0 FAILED: 9
1. Error: one posterior is added (@test-add_posteriors.R#44)
2. Error: two posteriors are added (@test-add_posteriors.R#116)
3. Error: three posteriors are added, middle is deleted and added again (@test-add_posteriors.R#197)
4. Error: alignment_to_beast_posterior: basic (@test-alignment_to_beast_posterior.R#28)
5. Error: are_identical_posteriors: use from local simulation (@test-are_identical_posteriors.R#58)
6. Error: do_simulation: use (@test-do_simulation.R#22)
7. Error: do_test_simulations: create exact replicate (@test-do_test_simulations.R#9)
8. Error: get_posteriors: add one (@test-get_posteriors.R#55)
9. Error: get_posteriors: add two (@test-get_posteriors.R#98)
Error: testthat unit tests failed
Execution halted
Travis CI のエラー メッセージの「下部」が表示されません。ここに例を示します。
Failed -------------------------------------------------------------------------
1. Failure: alignment is added (@test-add_alignments.R#49) ---------------------
add_alignments(filename, verbose = TRUE) did not throw an error.
Travis CI の「下部」を把握できることを期待/希望しています。どこかにログファイルが書かれていると思います/願っていますが、どこにあるのかわかりませんでした。
[編集: これを追加] 以下の出力例のような出力が時々表示されることに注意してください。これは別の質問かもしれませんが、出力のすべての行も見てみたいです。
Last 13 lines of output:
2: alignment_to_beast_posterior(alignment_dnabin = alignment, base_filename = basefilename,
mcmc_chainlength = mcmc_chainlength, rng_seed = new_seed, skip_if_output_present = skip_if_output_present,
verbose = verbose)
3: stop("alignment_to_beast_posterior: ", "file '", beast_trees_filename, "' should have been created")