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BAM ファイルがあります。

ERR174327.487900        99      chr9    80320323        60      101M    =       80320752        530     AGGGACATTGGTCCAAAAGGTTTTAATTAACCATACACCCTGCTCTACAAATCTAAAAAACTGTAGGACAGTATTTTGAGTCTCCAAGTATCCAGTGATAA   CCCFFFFFHHHHFIJJJJJJGIJJJJJJJJJJJJJJJJIJIJJJJJIIJJJIJIJJJJJJJGICEHIHFHH=BFFADFFDCCCDCDDDCCCDADC@>ADC@   NM:i:0  AS:i:101        XS:i:0  RG:Z:group1

NM:i:0 AS:i:101 XS:i:0 RG:Z:group1C++ コードのオプション フィールドを読み取る必要があります。ライブラリを使用してhtslib、これらのオプション フィールド以外のすべてを読み取ることができます。

htsib ライブラリのソース ファイルは、Github にあります。残念ながら、これらのフィールドを読み取ることができる関数を見つけることができません。

Q: htslib でオプションのフィールドを読み取る方法は?

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bam.h で

/*!
  @abstract       Retrieve data of a tag
  @param  b       pointer to an alignment struct
  @param  tag     two-character tag to be retrieved

  @return  pointer to the type and data. The first character is the
  type that can be 'iIsScCdfAZH'.
 */

 static inline uint8_t *bam_aux_get_core(bam1_t *b, const char tag[2]);
于 2016-07-01T08:41:45.390 に答える