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gzip されたデータファイルを含むディレクトリがあります。スクリプト est_abundance.py を使用して各ファイルを実行したいと考えています。しかし、最初にそれらを解凍する必要があります。だから私はこのbashを持っています:

for file in /home/doy.user/scratch1/Secoutput/; do
    cd "$file"
    gunzip *kren.gz
    python analysis1.py -i /Secoutput/*kren -k gkd_output -o /bracken_output/$(basename *kren).txt
    wait
done

問題は、bash スクリプトがすべてのデータファイルを解凍し続け、1 つのファイルを解凍した後、次のコマンドに進まないことです。これを修正するのを手伝ってもらえますか? すべてのファイルに対してすべてのコマンドを実行したいだけです。

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変数を使用する必要があることに注意してください。$file解凍後に、次.gzを使用して一部を削除することにより、ファイルの名前を取得でき${file%.gz}ます。

for file in /home/doy.user/scratch1/Secoutput/*; do
    gunzip $file
    python analysis1.py -i ${file%.gz} -k gkd_output -o /bracken_output/$(basename ${file%.gz}).txt
    wait
done
于 2016-07-07T07:33:08.147 に答える