r - バイオインフォマティクス: Limma と 3 つのグループ (ケース/コントロール、年齢、性別) を比較する方法

Question

私は学生ですが、病気 (ケース/コントロール)、性別 (男性/女性)、および年齢の 3 つの変数を評価する遺伝子発現差をLimmaを使用して対比する方法について疑問があります。

私のデータは次のようなものです: (性別、年齢、病気の 3 つの列)

head(pData(gse))

ここにデータ:

私は自分の可変疾患に対して実験を構築することを知っています:

    design= model.matrix(~ pData(gse)[,"disease"])
    colnames(design)= c("control", "case")

    fit= lmFit(gse, fesign)
    fit1= eBayes(fit)

    topTable(fit1, coef=2, adjust="BH", number= as.numeric(dim(gse)[1]))

しかし、3 つの変数で対比 Limma を行うにはどうすればよいですか? お手伝いありがとうございます！

age= pData(gse)[,"age"]
gender= pData(gse)[,"gender"]
disease= pData(gse)[,"disease"]

age.group= ifelse(age>40,"over40", "under40")

design = model.matrix(~0 + disease + gender + gender:age)

contr.matrix <- makeContrasts(  **???**