マクロで ImageJ を使用して LIF ファイル (ライカ形式) を開こうとしています。LIF ファイルには、52 または 45 タイムステップの 4 つの「LIF シリーズ」が含まれています。各タイムステップには 3 つのチャネルが含まれます。
filepath = "/mydirectory/myfile.lif";
out = "/mydirectory/myTIFF/";
run("Bio-Formats Importer", "open=["+ filepath + "] color_mode=Default split_timepoints split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
for(myt ...) { // I don't know how having all the UNIQUE timestep of all the series
for(mych=0;mych<3;mych++) {
saveAs("Tiff", "save=[" + out + "/myID" + "_t" + myt + "_ch" + mych + ".tif" + "]");
}
}
タイムステップ + チャネルごとに 1 つのファイルを TIFF として保存したいと考えています。
しかし 1: 「split_channels」および「split_timepoins」オプションを使用してシリーズを開くことができないため、ImageJ がクラッシュします (メモリが不足しています)。 2: すべてのシリーズを開くことができず、自動的に ImageJ がクラッシュします。シリーズを 1 つずつ開きます。または/およびタイムステップを1つずつ
タイムステップごとにLIFファイルを開き、フィジーに自動的に保存する方法を知っていますか? または、LIF ファイルのチャンネルとタイムステップを分割するにはどうすればよいですか?