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単純な問題のように思えます: pubmed から medline xml 形式で集められた参考文献があります。これは pandoc-citeproc とうまく連携して引用をフォーマットし、ドキュメントの最後に参考文献のリストを生成します。使用している R パッケージからの引用を統合し、pandoc で統一された参考文献を作成したいと考えています (pandoc-citeproc 経由)。

pandoc-citeproc は、私の medline xml から yaml と json の参考文献を書き込みます。pandoc を実行する前に、R と medline の引用を (おそらく手動で) マージしても問題ありません。しかし、citation() にも pandoc-citeproc にも、統一された参考文献を作成するために使用できる一般的な形式への medline および citation() 出力に変換するものは何も表示されません。

ご指摘ありがとうございます。

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  1. R の引用をファイルに書き込むために bibtex パッケージを使用しました

    library(ggplot2)
library(plyr)
library(limma)
library(bibtex)
write.bib( c('bibtex', 'ggplot2', 'plyr', 'Biobase', 'limma'), file "R.citations.bib" )

  2. pandoc は複数の --bibliography 引数を受け入れます。重要なのは、参考文献のファイル名サフィックスが認識されている場合、さまざまな参考文献フォーマット (.medline は ncbi の xml フォーマット) を使用でき、pandoc はすべてをまとめているように見えます。

    pandoc --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx
于 2016-07-16T18:32:00.703 に答える